「学級活動」「クラブ活動」「委員会活動」をカウントしたい。

初期設定では科目項目に「学級活動」「クラブ活動」「委員会活動」がありません。
そのため、「科目の設定」から「科目項目追加」で、「学級活動」「クラブ活動」「委員会活動」を追加してください。
その際、集計科目を「特別活動」にすると、まとめて「特別活動」として集計することができます。それぞれの項目で集計したい場合は「集計科目」は「未設定」にしてください。